根据北畠亲房《神皇正统记》的记载，后醍醐天皇讳曰尊治，诞生于正应元年（1288）十一月二日，乃后宇多院的第二皇子。母亲是参议五辻忠继的女儿忠子，自幼受到祖父龟山院的抚育。

　　相对尊治来说，其父后宇多院更偏爱嫡子邦治（正安三年〈1301〉即位为后二条天皇）。由于尊治被排除在皇位继统的序列之外，母亲忠子与后宇多院的关系恶化；忠子因此离开了后宇多院，寄身于母舅龟山院处。嘉元三年（1305）龟山院殁，尊治失去了最后的靠山，失去了继承皇位的可能。

　　德治三年（即延庆元年〈1308〉）八月二十五日，兄长后二条天皇（邦治）的猝死成了尊治人生的大转机。第二日持明院统的花园天皇即位，根据两统继立的原则，花园天皇的东宫太子必须从大觉寺统的人选中挑选。后宇多院的嫡孙邦良（邦治的皇子）此时年幼病弱，正当盛年的尊治顺利取得了继承皇位的权力。当年闰八月后宇多院将大觉寺统的所领让渡给了尊治，作为交换条件，尊治答应将邦良立为大觉寺统的继承人。

　　尊治于文保二年（1318）二月践祚，三月即位为后醍醐天皇，同年三月立邦良为太子。嘉历三年（1328）持明院统向幕府提交《御事书并目安案》，再次提出两统继立的原则；后醍醐对此不屑一顾，一心希望能由自己的皇子继承皇位。由于无法得到幕府的支持，后醍醐开始了秘密的讨幕计划。